Entre os agentes estão, Julián (Rodolfo Sancho), um homem do nosso tempo que perdeu a esposa em um acidente de trânsito, o que o leva a assumir uma postura mais endurecida e imprevisível; Amelia (Aura Garrido), que vem do final do Século XIX. Uma das primeiras mulheres a estudar na Universidade de Barcelona, ela é dotada de memória fotográfica, o que a leva a ter um vasto conhecimento sobre a história e domínio da literatura, bem como do latim; e Alonso (Nacho Fresneda), um soldado do Século XVI. Exímio atirador e estrategista, Alonso é um patriota que valoriza a honra.
A organização está sob o comando de Irene (Cayetana Guillén Cuervo), mulher nascida na década de 1930. Pragmática e cética, Irene tem como assistente Ernesto (Juan Gea), um homem perfeccionista e solitário, que se preocupa com a segurança de seus agentes.
A segunda temporada será composta de treze episódios, cinco a mais que a primeira. Nos novos episódios, o grupo se encontrará com mais personalidades históricas, como El Cid (Sergio Peris-Mencheta, de Isabel, a Rainha de Castela) e Miguel de Cervantes (Pere Ponce, de Isabel, a Rainha de Castela).
O sucesso de El Ministerio del Tiempo, especialmente nas redes sociais, gerou o livro Dentro de El Ministerio del Tiempo/Inside The Ministry of Time, de Concepción Cascajosa, que conta sobre os bastidores de produção da série.